Ανεφάρμοστη θεωρεί η συντριπτική πλειοψηφία των εμπόρων γεωργικών φαρμάκων τη συνταγογράφηση, καθώς διαπιστώνουν πολλά προβλήματα στον τρόπο με τον οποίο «δουλεύει» το σύστημα. Όπως υποστηρίζουν, απαιτεί χρόνο και κόπο, ενώ υπάρχουν και ορισμένοι που δεν έχουν μπει καν στη διαδικασία να εφαρμόσουν το μέτρο. Από την έρευνα, που πραγματοποίησε ο ΑγροΤύπος, μιλώντας με δεκάδες ιδιοκτήτες καταστημάτων γεωργικών φαρμάκων σε όλη την χώρα, προέκυψε ότι υπάρχουν σημαντικά προβλήματα στην όλη διαδικασία. Μεταξύ άλλων επισήμαναν ότι «εφαρμόζεται ένα ευρωπαϊκό σύστημα στα ελληνικά δεδομένα. Είναι σχεδόν αδύνατον να γίνονται συνταγές ταυτόχρονα με την πώληση φυτοπροστατευτικών». Σχεδόν οι μισοί δηλώνουν ότι μέχρι αυτή την στιγμή δεν χρησιμοποιούν κάποιο ειδικό λογισμικό για τη συνταγογράφηση.
Όσοι εφαρμόζουν το μέτρο, θεωρούν ως βασικό πρόβλημα το γεγονός ότι η πλειοψηφία των αγροτών είναι μεγάλης ηλικίας, με συνέπεια να δυσκολεύονται να βγάλουν διπλώματα χρήσης φυτοπροστατευτικών προϊόντων.
Επίσης πολλοί αγρότες έρχονται σε συνεννόηση με τα καταστήματα ώστε να αγοράσουν τα φάρμακα που ζητούν και ύστερα να δηλώσουν το κωδικό τους.
Παράλληλα, το σύστημα δεν έχει λάβει υπόψη του και τη χρήση φαρμάκων από τους ερασιτέχνες, οι οποίοι αποτελούν ένα μεγάλο τμήμα των πελατών στα καταστήματα γεωργικών εφοδίων. Οι συγκεκριμένοι, προκειμένου να εξυπηρετηθούν, πολλές φορές αναγκάζονται να δηλώνουν τα φάρμακα που αγοράζουν στο όνομα άλλων αγροτών (κατ΄ επάγγελμα) που γνωρίζουν. Ωστόσο υπάρχει κίνδυνος να θεωρηθούν «επαγγελματίες ψεκαστές» και τους ζητήσουν παραστατικά από την εφορία.
Βέβαια υπάρχει και το πρόβλημα με την έκδοση αποδείξεων, αφού οι ερασιτέχνες ή ετεροεπαγγελματίες αγρότες δεν θέλουν να εκδίδουν τιμολόγια. Ακόμη σε κάποιες περιοχές είναι λίγοι όσοι έχουν πάρει πιστοποίηση για χρήση φυτοφαρμάκων.
Επιπλέον, πολλοί αγρότες από τη Βόρεια Ελλάδα, επειδή μένουν κοντά στα σύνορα, επιλέγουν να αγοράσουν «ελεύθερα» τα γεωργικά φάρμακα από καταστήματα των γειτονικών χωρών, με αποτέλεσμα να χάνονται πελάτες, δηλώνουν καταστηματάρχες γεωργικών εφοδίων.
Πάντως οι «νόμιμοι», που ακολουθούν κατά γράμμα την σχετική νομοθεσία, κάνουν λόγο για υψηλό κόστος (πρέπει να απασχολούν υπαλλήλους) αλλά και αθέμιτο ανταγωνισμό από όσους παρακάμπτουν την όλη διαδικασία και ζητάνε να γίνονται έλεγχοι και να επιβάλλονται πρόστιμα για την κάθε παρανομία.